Ennek a szervrendszernek a működése a táplálkozással függ össze. Feladatai sorrendben: a táplálék felvétele, aprítása (pl. fogakkal), a felaprított táplálék emésztése (a nagyobb tápanyag molekulák lebontása kisebb molekulákra), a felszívás (ilyenkor kerül a megemésztett táplálék a vérbe vagy más testnedvekbe) és a salakanyagok (a szervezet számára hasznosíthatatlan anyagok) kiürítése. A fent felsorolt működéseket a következő szervek végzik (szintén sorrendben): szájüreg (táplálékfelvétel, aprítás, emésztés megkezdése), garat, nyelőcső (táplálék továbbítása), gyomor (emésztés), vékonybél (emésztés, felszívás), vastagbél (salakanyagok ürítése). A fentiekben leírt szervek elsősorban gerincesekre jellemzőek.